En 1969, el Gobierno Revolucionario de las Fuerzas Armadas promulgó la Ley Orgánica de la Universidad Peruana, que creaba los departamentos académicos. La PUCP estableció una comisión organizadora que creó once departamentos y uno de ellos fue el de Humanidades. Allí se agruparon a los docentes de Filosofía, Historia, Psicología, y Lingüística y Literatura.
Entre sus primeros maestros a tiempo completo se encontraban Onorio Ferrero, José Antonio del Busto, Enrique Carrión, José Miguel Oviedo, Luis Jaime Cisneros, Roberto Criado, entre otros. En la década de los ochenta, se crearían las especialidades de Arqueología, Bibliotecología y Ciencias de la Información y, finalmente, Geografía. Esto ocasionó el incremento del número de docentes, pasó de 98 en 1980 a 143 en 1991. Durante la jefatura del Dr. Salomón Lerner, se edificó el auditorio de Humanidades.
Con la investigación como uno de sus pilares, el Departamento de Humanidades ha formado espacios como el Centro de Estudios Orientales, en 1988. “Ahora queremos transformarlo en un Centro de Estudios del Asia y hacerlo más interdisciplinario”, dice Hernández. Por su parte, el Centro de Investigaciones de Geografía Aplicada ahonda en los temas de medio ambiente y cambio climático, mientras que el Centro de Estudios Filosóficos (CEF-PUCP) coordina y promueve actividades de investigación de esa disciplina.
Hasta el momento han ocupado la Jefatura del Departamento: Gerardo Alarco Larrabure, Salomón Lerner Febres, Pedro Rodríguez Crespo, Raúl Zamalloa Armejo, José Agustín De La Puente, Jeffrey Klaiber Lockwood, Krzysztof Makowski, Pepi Patrón, Miguel Giusti, Carlos Garatea y Francisco Hernández. Actualmente, Miguel Rodríguez Mondoñedo se desempeña como Jefe del Departamento de Humanidades.