El 28 de febrero del 2025, la doctora María del Carmen Vega, actual editora general del Boletín de Arqueología PUCP (BAPUCP), recibió la noticia de que, luego de una minuciosa evaluación, la revista había sido admitida en la lista de Scopus, lo que la convierte en la primera revista de Arqueología del Perú en ser indexada en esta prestigiosa base de datos que evalúa el rendimiento e influencia de las revistas científicas.
El comité evaluador resaltó ciertos aspectos importantes de la revista como la inclusión de artículos relevantes para la audiencia científica, ser constantemente citada por otros artículos publicados en revistas indexadas por Scopus, poseer objetivos claros y tener un proceso de revisión por pares sujeto a ciertas pautas definidas. Antes del proceso de indexación se hicieron algunas modificaciones acordes con los lineamientos de la base de datos que incluyeron agregar una sección de normas éticas dentro de la revista, traducir el contenido de la web al inglés y comenzar a usar Open Journal Systems (OJS), un software bastante empleado por las revistas académicas alrededor del mundo que ayuda a la revisión por pares. Estos cambios se unieron a otros que ya se venían realizando como hacer que el Comité Editorial Internacional se convirtiera en paritario, publicar los artículos a medida que estuvieran concluidos sin esperar a que todo el número estuviera listo, y realizar ediciones de la revista sin un eje temático definido.
El equipo encargado de la indexación de la revista estuvo conformado por la profesora de Arqueología, Ana Cecilia Mauricio, en su calidad de editora general de la revista en 2024; Camila Tamayo y Carol Rodríguez, en sus puestos de anterior y actual asistentes de edición; Ismael Canales, coordinador de Innovación del Sistema de Bibliotecas y Aida Nagata, coordinadora de revistas académicas del Fondo Editorial PUCP. Durante la gestión del antiguo jefe del departamento de Humanidades, Francisco Hernández, se contrató una consultora, Paula Martínez Sagredo, para brindar asesoría en el transcurso de la evaluación.